ARTZU-a osnovana je Zakonom o Agenciji za regulaciju tržišta željezničkih usluga kao samostalno i nezavisno regulatorno tijelo. Na taj način ispunjena je jedna od pretpostavki liberalizacije i funkcioniranja tržišta željezničkih usluga koje su utvrđene Direktivom 2001/14EC.
Temeljna zadaća ARTZU-a jest osiguranje preglednog i nepristranog obavljanja djelatnosti željezničkog prijevoza te otvorenog i nediskriminirajućeg ponašanja između upravitelja infrastrukture i prijevoznika. ARTZU-a kao dio regulacije jedinstvenog tržišta željezničkih usluga EU, u okviru obavljanja svoje djelatnosti, dužna je s obzirom na specifičnosti željezničkih usluga surađivati sa nacionalnim i europskim tržišnim regulatorima radi usuglašavanja principa i prakse donošenja odluka. ARTZU-a primjenjuje pravila i sustav mjera za zaštitu tržišnog natjecanja te je dužna pružati tehničku pomoć AZTN-u. Misija i svrha osnivanja ARTZU-a kao tržišnog regulatora i antikorupcijskog tijela, pretočena je u nadležnost koja obuhvaća: